1、办理组合贷款的银行有限
目前，很多银行都不承办组合贷款，许多办理组合贷款的人都发现，一般公积金管理处至于一家银行有合作，这对贷款者办理组合贷款非常的不利。
2、手续十分繁琐
组合贷款相当于同时办两种贷款，需要的材料很多，手续也很复杂，并且还要等到产权过户和抵押登记完成之后，至今才会发放。通常都得23个月时间，这也是许多卖方不愿意接受的原因。
3、要交许多手续费
两种贷款都需要收担保费，并且还需要评估费，如果贷款人找的中介，还要支付一笔佣金，比纯公积金或纯商贷手续费都更多。
4、对置业升级不利
在进行置业升级换房时，会受到二套房政策的影响，因为商贷的部分会在征信记录中保留。